imagenes-GUT-06

Primena R-a u analizi mikrobiote

Na predstojećem BelgradeR meetupu-u ćemo opet pričati o tome kako se R koristi u oblasti bioinformatike. Meetup se održava 31. oktobra u 18 časova u beogradskom Startit centru.

BelgradeR meetup se vraća nakon duže pauze. Tema novog druženja biće primena R-a u analizi mikrobiote. Kako izgleda transformacija informacije zakopane u otpadu ljudskog metabolizma u znanje i žive lekove (eng. live drugs)? Kako uz pomoć programskog jezika i različitih Bioconductor biblioteka doći do korisnog znanja u ovoj oblasti? Odgovore na ova pitanja će nam dati predavač Svetlana Bojić koja se već neko vreme bavi analizom mikrobiote.

Na predavanju će biti reči o tome kako analizom ekoloških parametara možemo da zaključimo zašto se bakterije iz debelog creva ne ponašaju kao idealno vaspitani “cimeri” ponekad. Načećemo specifičnosti statističkog testiranja u svetlu činjenice da su bakterije povezane u rodoslovna stabla. Biće prikazani neki stvarno cool plotovi i ilustrovana upotreba većeg broja Bioconductor paketa kao što su “philr”, “phyloseq”, “ape” i drugi koji se koriste u analizi mikrobiote.

Dotaći ćemo se i izazova koji postoje pri primeni “(ontology) term enrichment” analize na dešifrovanje toga šta nam demografske promene u bakterijskom društvu govore o našem zdravlju i sreći.

Meetup se održava u Startit centru Beograd, ulica Savska br. 5. Druženje smo zakazali za 31. oktobar u 18 časova, a svoje prisustvo možete potvrditi na BelgradeR meetup stranici.

O predavaču: Svetlana Bojić je završila Matematičku gimnaziju i Medicinski fakultet Univerziteta u Beogradu. Neko vreme je radila na Katedri za statistiku i informatiku Medicinskog fakulteta. Od 2015. godine je deo kompanije HITtest, startupa koji se bavi analizom mikrobiote.